Tā kā Tomato Brown Rugose Fruit Virus inficē tomātu un piparu augus visā pasaulē, sēklu uzņēmumi strādā pie izturīga tomātu audzēšanas.
Tomātu audzētājiem bija pieejami bagātīgi ģenētiskie un genoma resursi pat pirms tomātu genoma sekvencēšanas projektu uzsākšanas. Vairākās vietās jau sen ir izveidotas lielas tomātu dīgļu kolekcijas. Gēnu bankās visā pasaulē tiek saglabāti vairāk nekā 75,000 XNUMX tomātu pievienojumi. Viena no lielākajām ir USDA gēnu banka Ženēvā, Ņujorkā.
Tomātu genoma sekvencēšana tika uzsākta 2005. gadā kā daudznacionāls darbs starp 14 valstīm un pabeigts 2012. gadā. Šie centieni ir ievērojami paātrināti, pielietojot mākslīgo intelektu, mašīnmācīšanos un progresīvus algoritmus, lai analizētu lielu daudzumu ģenētisko un fenotipisko datu.
Tomātu pan-genoms
Pētnieki no Boisa Tompsona institūta 2020. gadā izveidoja augstas kvalitātes atsauces genomu savvaļas tomātiem, lai iegūtu pilnīgāku un noderīgāku tomātu pan-genomu. Viņi atklāja genoma sadaļas, kas ir augļu garšas, izmēra un nogatavināšanas, stresa tolerances un slimību rezistences pamatā. Daļēji pateicoties progresīvām sekvencēšanas tehnoloģijām, kas var nolasīt ļoti garus DNS gabalus, atsauces genoms ir pilnīgāks un precīzāks nekā esošā datubāze.
Vecākas sekvencēšanas tehnoloģijas, kas nolasa īsākus DNS gabalus, identificē mutācijas vienas bāzes līmenī. Tomēr viņi nav labi, lai atrastu strukturālus variantus, piemēram, lielu DNS gabalu ievietošanu, dzēšanu, inversiju vai dublēšanos.
2019. gadā starptautiska pētnieku grupa izveidoja tomātu pan-genomu, izmantojot genoma sekvences no 725 filoģenētiski un ģeogrāfiski reprezentatīvām šķirnēm. Šajā datu bāzē ir iekļauti 4,873 gēni, kas nav atrasti sākotnējā atsauces genomā. Pašreizējās / neesošās variāciju analīzes atklāja būtisku gēnu zudumu un intensīvu gēnu un promotoru negatīvo atlasi tomātu pieradināšanas un uzlabošanas laikā.
Izlasiet visu rakstu vietnē www.seedworl.com.